商法522条は「商行為によって生じた債権」について5年の短期消滅時効期間を定め，商法502条は，「銀行取引」を「営業としてするとき」は「商行為」にあたるとしています。したがって，銀行の貸付債権は，5年の消滅時効にかかることになります。しかし，信用金庫については5年ではなく10年の消滅時効となるのが原則です（最判昭63.10.18）。理由は，信用金庫は営利目的の組織ではなく「営業としてするとき」の要件を満たさないためとされています。

ただし、信用金庫が貸主の場合でも，当該借入れが，借主にとって商行為である場合は、商法3条により借主貸主双方に商法が適用されることになるため，消滅時効期間は５年となります。

商法

第三条 　当事者の一方のために商行為となる行為については、この法律をその双方に適用する。

第五百二条 　次に掲げる行為は、営業としてするときは、商行為とする。ただし、専ら賃金を得る目的で物を製造し、又は労務に従事する者の行為は、この限りでない。

八 　両替その他の銀行取引

第五百二十二条 　商行為によって生じた債権は、この法律に別段の定めがある場合を除き、五年間行使しないときは、時効によって消滅する。ただし、他の法令に五年間より短い時効期間の定めがあるときは、その定めるところによる。